Subnacionalinių tyrimų tema nuo atsiradimo iki jos, kaip nepriklausomos tyrimų krypties susiformavimo per pastaruosius penkiasdešimt metų, nuėjo ilgą kelią. Šis laikotarpis susideda iš trijų etapų. Pirmajame etape (XX amžiaus aštuntojo dešimtmečio pradžioje–dešimtojo dešimtmečio viduryje) mokslininkai pradeda diskutuoti tuo metu dar netirta tema ir nagrinėja ją kaip fragmentinę visų studijų dalį. Antrame etape (XX amžiaus dešimtojo dešimtmečio vidurys–XXI amžiaus antrojo dešimtmečio pirmoji pusė) atsiranda metodikos pokyčių. Tyrimai tampa sudėtingesni, jie orientuojami tik į subnacionalinius reiškinius ir yra vykdomi naudojant specialų įrankį – subnacionalinį lyginamąjį metodą. Taip pat pateikiama metodinė dichotomija kaip subnacionalinių režimų ir jų tipų analizės modelis. Galiausiai, trečiajame (dabartiniame) etape (XXI amžiaus antrojo dešimtmečio vidurys–ir iki šiol) vyksta pagrindiniai pokyčiai: formuojama savarankiška tyrimų kryptis, įveikiamos varžančios teorinės konstrukcijos (nacionalinis šališkumas ir federalinis monizmas), tyrimai darosi sudėtingesni ir nuodugnesni. Šios savybės yra įtvirtintos per metodinę sintezę kaip modernus subnacionalinių režimų ir jų tipų analizės modelis. Straipsnyje nagrinėjami klasikinio ir modernaus subnacionalinio lyginamojo metodo pagrindai. Autorius pažymi, kad moderni metodika subnacionalinio diskurso kontekste atitinka naudojamą ontologinį pagrindą. Kita vertus, tiriant subnacionalinių studijų klausimus būtina paaiškinti, atnaujinti ir papildyti kai kuriuos metodologinius pagrindus.